4 基因表达[Expression Summary]

方法[Method]

使用 cufflinks (v2.2.1) 统计 reads 比对到基因组的数目。 使用 cuffnorm 标准化比对到基因组上的reads数，得到FPKM值 。 使用 cuffdiff 计算差异表达基因。

Reads aligned to genes are counted by cufflinks (v2.2.1). The FPKMs are normalized using cuffnorm. Differentially expressed genes are calculated using cuffdiff.

4.1 标准化[Normalization]

下图显示了所有样本标准化FPKM值的小提琴图。
Following figure shows the boxplot of normalized FPKMs across all the samples.

Figure 4.1: 所有样本 log~2(FPKM+1) 的小提琴图

PDF 文件 : Vioplot_logFPKM.jpg.

4.2 基因表达情况总表[Expression table]

所有样本全部基因的FPKM和差异表达倍数表格 :
The main table for FPKMs and DEGs across all genes and all samples :

下载[Download] : FPKM_DEG_Summary.xls

所有样本全部基因的reads表格 :
The main table for reads across all genes :

下载[Download] : readCount.xls

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