8 cluster的标记基因[cluster biomarkers]

生成了tSNE图像后，需要确认每个细胞群类型。首先需要得到每个集群差异表达的基因，然后使用特定细胞的marker来对不同的细胞群进行标记。

After the tSNE image is generated, it is necessary to confirm each cell population type. First you need to get the genes that are differentially expressed in each cluster, and then use specific cell markers to mark different cell populations.

8.1 P-部分基因表达情况[P- Partial gene expression]

选取每个cluster最显著差异表达的基因，绘制数目点图和分布图

Select the most significantly differentially expressed genes in each cluster, and draw a number plot and distribution map

小提琴图

P-基因表达分布

Figure 8.1: P-基因表达分布

PDF 文件 : P-geneExpr.jpg

分布图

P-基因表达可视化

Figure 8.2: P-基因表达可视化

PDF 文件 : P-FeaturePlot.jpg

表格下载[Download Table] : P-markers1.xls

基因表达热图[heatmap]

为每个群集绘制前20个标记生成表达式热图。

Generate expression heatmaps by plotting the first 20 markers for each cluster.

P-表达式热图

Figure 8.3: P-表达式热图

PDF 文件 : P-markers10.jpg

表格下载[Download Table] : P-markers20.xls

8.2 T-部分基因表达情况[T- Partial gene expression]

选取每个cluster最显著差异表达的基因，绘制数目点图和分布图

Select the most significantly differentially expressed genes in each cluster, and draw a number plot and distribution map

小提琴图

T-基因表达分布

Figure 8.4: T-基因表达分布

PDF 文件 : T-geneExpr.jpg

分布图

T-基因表达可视化

Figure 8.5: T-基因表达可视化

PDF 文件 : T-FeaturePlot.jpg

表格下载[Download Table] : T-markers1.xls

基因表达热图[heatmap]

为每个群集绘制前20个标记生成表达式热图。

Generate expression heatmaps by plotting the first 20 markers for each cluster.

T-表达式热图

Figure 8.6: T-表达式热图

PDF 文件 : T-markers10.jpg

表格下载[Download Table] : T-markers20.xls